Dans la séance du conseil municipal du 8 janvier 1816, le maire Antoine Chaudot expose que le marché au blé qui se tient sur la place de l'Hôtel de Ville "est d'un accès constamment difficile et que dans l'hyver, il est souvent impossible d'y faire arriver les voitures". Il propose donc de le déplacer du centre-ville à la "Petite Butte", près de la porte Saint-Jacques, "qui comme promenade n'offre aucune espèce d'agrément". L'architecte voyer Cerneau établit un projet en U, avec deux halles parallèles (hangars orientés nord-sud), longues de 26,50 m, encadrant une place fermée au nord par le logement du concierge et par un escalier donnant accès à la rue Saint-Jacques, située en contre-haut. L'ingénieur en chef des Ponts et Chaussées du département valide l'emplacement et préconise qu'il soit fermé au sud, du côté de la rue de Paris et de la rivière, par un muret et que son entrée y soit marquée par des bornes. De son côté, l'inspecteur général de la Navigation approuve lui-aussi l'emplacement et se félicite que cet aménagement permette de supprimer la grille "dite de Paris" (réputée dater de 1758), "ce qui favoriserait le hallage, le service de la routte de Paris à Gex et la circulation des voitures allant à ce marché". Il ajoute : "cette grille au surplus ainsi que celle qui est sur le pont de la ditte ville pourrait être utilisée pour la fermeture de ce marché. La destruction de ces deux grilles est réclamée depuis longtemps par la marine de l'Yonne, l'occasion de les employer d'une manière utile autant qu'agréable est arrivée". Les deux halles sont bâties en 1818-1819, mais pas sur le modèle représenté sur le plan soumis en décembre 1817 au Conseil des Bâtiments civils (montrant une façade comportant cinq fenêtres séparées par quatre portes).

Le bâtiment du concierge n'ayant pas été réalisé, le maire expose le 7 mai 1820 qu'il faut construire "un vaste bâtiment dont le rez de chaussée serviroit de halle [... avec] au premier étage une vaste salle pour le recrutement et les adjudications publiques". Le conseil municipal valide dans sa séance du 5 mai 1821 la destruction de la porte Saint-Jacques, qui sera masquée par le nouveau bâtiment. Sa conception est confiée à l'architecte auxerrois Emile Leblanc, dont un premier projet est jugé trop coûteux par le conseil le 1er mai 1822. Le deuxième est adopté le 10 octobre 1822 moyennant quelques modifications. Dans sa séance du 7 octobre 1823, le conseil des Bâtiments civils par la voix de son rapporteur Maximilien Joseph Hurtault, venu sur place dans le courant de l'été, propose de placer la nouvelle halle à l'alignement du quai afin de conserver la porte Saint-Jacques. Il critique le projet, trouvant notamment que l'élévation (au sud) "n'est point dans le caractère convenable à un édifice de ce genre" (elle est animée par un avant-corps central avec balcon à l'étage, doté de quatre colonnes ioniques supportant un entablement et un fronton) et propose des modifications. Modifications suffisamment importantes pour qu'il soit considéré comme l'auteur du bâtiment dans le volume 1 du Choix d'édifices publics projetés et construits en France depuis le commencement du XIXe siècle, qui en donne les dessins et montre un bâtiment en retrait de la rue Saint-Jacques, reculé vers le sud pour préserver la porte. Le conseil municipal, dans sa réunion du 16 juin 1824, maintient sa décision de détruire cette porte, la démolition débutant le 16 août suivant.

L'adjudication des travaux de la halle a lieu le 20 juillet 1824 au profit du maître maçon Bachelery. La première pierre est posée le 28 octobre 1824, l'étage de soubassement réalisé en 1825, le rez-de-chaussée surélevé et l'étage carré en 1826. La charpente présente des malfaçons si bien que Leblanc refuse de recevoir les travaux et il faut attendre mars 1827 pour que s'achèvent les réparations et que commence la couverture en ardoises. Toutefois les voûtes du soubassement, décintrées les 6 et 7 octobre 1827, menacent de s'effondrer dès le 8, les murs n'ayant pas une épaisseur suffisante. Le conseil municipal décide de faire appel à un architecte "dont le talent soit reconnu" pour achever la construction. Les voûtes sont démolies et remplacées en 1828 par un plancher soutenu par des piliers, travaux confiés à l'entrepreneur Jubin, de Villeneuve-sur-Yonne. La couverture est terminée début 1828. Un contemporain, Augustin Pérille-Courcelle, décrit alors le bâtiment, encore inachevé (le second oeuvre sera fini à la fin de l'année) : au rez-de-chaussée, une salle de 50 pieds sur 33 occupe les trois travées centrales, encadrée à l'est par le logement du concierge et à l'ouest par "une chambre du Conseil et dépendance". "La grande salle doit servir aux grandes réunions, telles qu'assemblées pour le tirage de recrutement et conseil de révision, adjudication des bois, etc. pour lesquelles la salle de l'Hôtel de Ville se trouve souvent trop petite. On a aussi le projet d'y construire une salle de spectacle déplaçable à volonté."

L'aménagement de cette grande salle est confié en 1829 au Parisien Alexandre Bourla (38 bis rue des Petites Ecurie), auteur de théâtres à Paris (il se dit lui-même "architecte des théâtres du Cirque olympique et du Panthéon"), à Limoges et à Tournai. Il livre avant la fin de l'année un projet, qu'il simplifie dans une deuxième version en avril 1830 (les dessins conservés montrent, curieusement, une élévation sur la rue Saint-Jacques avec avant-corps central, loggia, colonnes doriques et ioniques, fronton sculpté). Ce projet est de nouveau modifié en juillet 1832 "pour restreindre la dépense aux faibles ressources qui nous restent". La scène doit occuper les deux travées orientales, la salle les deux suivantes, la dernière à l'ouest correspondant à un foyer avec cheminée. La salle, au décor d'inspiration pompéienne, comprend des loges d'avant-scène et deux balcons, chacun avec galerie et loges ; le deuxième balcon, en retrait, est partiellement en amphithéâtre. Les travaux, adjugés en novembre 1832 à J. Bourbault et H. Bougault, débutent en décembre. La salle ouvre le 14 juin 1833 pour une représentation de comédiens amateurs et Pérille-Courcelle note sa "nouveauté [...], sa coupe gracieuse, la fraîcheur et le bon goût de ses décors". L'ancienne salle de spectacle, aménagée vers 1822 par un tapissier et "couverte d'un dôme circulaire en toile", est alors délaissée (elle avait une capacité de 400 places, réparties entre l'orchestre et trois galeries). Un petit corps de garde est ajouté à l'est en 1842, sur un dessin de l'architecte d'arrondissement Roblot. Des réparations sont nécessaires dès 1859 : à cette date, la couverture en ardoises est en mauvais état du fait d'une charpente insuffisamment pentue ; elle est donc remplacée à la fin de l'année ou au début de la suivante par une couverture en zinc, sous la surveillance de l'architecte voyer A. Benoît. Le perron sur la rue Saint-Jacques est reconstruit en 1861.

Les deux niveaux du bâtiment (étage de soubassement pour la halle au blé et rez-de-chaussée surélevé pour le théâtre) connaissent des évolutions différentes. En 1884, la municipalité attribue le premier à L'Etoile de l'Yonne, "Société municipale de gymnastique, de tir et de préparation militaire" fondée en 1882, pour y établir son gymnase. Cette association l'occupe toujours en 1926 lorsque la Compagnie d'Entreprises générale d'Electricité Bornhauser, Molinari et Cie (19 bis rue de Pont-Neuf à Poitiers), chargée de l'électrification de la vallée du Vrin, souhaite en louer la travée orientale. Cette société, représentée par l'ingénieur Jean Rapeneau, désire en outre disposer de "la partie du hangar située à l'est et faisant suite à l'atelier des bouilleurs de cru" et être autorisée à construire un bureau dans le prolongement d'un des deux bâtiments existants (le corps oriental et ce bureau ont disparu depuis). L'autorisation est accordée avec obligation de construire une cloison isolant la travée louée des autres.

Pour sa part, le théâtre accueille tournées, représentations et projections cinématographiques. Ainsi, le 10 août 1919, la Ville loue le théâtre à Edmond Galiment, "entrepreneur d'exploitation cinématographique" (24 rue de Trévise, Paris), pour cinq ans "les samedis, dimanches et jours fériés, pour y donner des représentations cinématographiques". Galiment s'engage à installer le chauffage central à vapeur à basse pression et à remplacer les banquettes du parterre par des fauteuils. Lorsque Galiment cesse son activité en 1920, le Cinéma-Pathé devient Cinéma Palace. En 1931, l'établissement est présenté comme Théâtre municipal Artistic-Cinéma par son directeur, Raymond Besnard (demeurant 136 boulevard Exelmans à Paris et également présent à Sens avec l'Eden Casino). Besnard le modernise cette année-là, "la nouvelle exploitation parlante aboutissant au triplement des dépenses des saisons précédentes". Dans cette salle de 450 places, il y a trois projections par semaine et un certain nombre de "tournées de comédies, vaudevilles ou revues choisies avec soin". Besnard attire l'attention de la municipalité sur son "état de vétusté que la troupe, pendant la guerre, a accentué". Il demande des réparations, auxquelles il s'engage à contribuer pour moitié. Un projet est dressé par l'architecte parisien Marcel Bourgeon, de l'agence Lacourrege et Cartron (96 avenue des Ternes), qui semble à ce moment-là s'établir à son compte (associé avec Marcel Dumontant ?). Le devis rédigé le 21 mai 1931 mentionne : réfection du rez-de-chaussée de la salle avec démolition des avant-scènes, des loges, des cloisons en bois, du plancher, ouverture de baies, réfection du proscenium, construction d'un nouveau plancher et "d'un bas flanc de 1.30 hauteur au fond de la salle (bois de réemploi)" pour séparer l'orchestre du promenoir ; dans le hall remplacement de l'escalier en bois par un en béton armé revêtu de marbre, destruction de cloisons, création d'un tambour d'entrée et sol en granito ; réfection partielle des peintures, "cadre de scène, aménagement de rideau de scène et de l'écran", éclairage. Le projet est complété en 1932, avec notamment la réfection du plancher de la scène et des loges d'acteur, le montant passant de 100 000 F à 145 347 F. Un petit corps de bâtiment à structure en pan de fer et hourdis de briques creuses est prévu contre le mur est, supporté par des poutres métalliques et accueillant le bureau du directeur au premier niveau et au-dessus une cabine (en triple poste ?) pour projection depuis l'arrière de l'écran. La validation par le conseil municipal le 3 août rappelle "que les vieilles peintures faisant le décor intérieur de la salle ne devront pas être endommagées". Adjugés le 26 septembre (les lots maçonnerie, menuiserie et serrurerie à l'entreprise Henri Claustrat, 16 rue de Steinkerque à Paris), les travaux comprennent aussi le chauffage (par la Scop La Laborieuse, 24 place du Forum à Reims) et la fourniture de 293 fauteuils (par la fabrique Abel Motté, 6 bis passage du Bureau et 168 rue de Charonne, à Paris). Ils sont achevés avant la fin de l'année, la réception provisoire ayant lieu le 30 janvier 1933. Signalée en 1942 comme équipée pour la projection en 35 mm, la salle semble perdre ses décors à la fin des années 1950. En 1973, le site accueille toujours les projections du cinéma Artistic (qui est signalé exploité par la Société Cinéma et Spectacles dirigée par J. Tourte, comme ce sera encore le cas en 1980 avec la précision : "Fonctionne également en substandard") ; il a conservé le bâtiment en bois de l'ancienne halle occidentale, qui sert d'entrepôt municipal, et "un agréable jardin y a été aménagé voici quelques mois".

La rénovation du bâtiment est de nouveau à l'ordre du jour dans la décennie 1980. En 1980, le cabinet d'architectes Davy et Zanetta (8 avenue Gambetta, à Joigny) établit un projet pour transformer l'étage de soubassement en "Foyer des Anciens". Il prévoit l'aménagement de cinq salles, d'une cuisine et d'un bloc sanitaire, ainsi que la modification de la chaufferie. Les travaux ont lieu en 1981 et le local rénové est inauguré le 10 février 1982. La toiture en zinc est remplacée par une couverture en ardoises, sous la surveillance du cabinet d'architecture Gérald Anceaux (4 rue de la Passerelle, à Aillant-sur-Tholon). Le 6 février 1981, le conseil municipal avait demandé l'étude de la restauration du théâtre à Camille Demangeat, scénographe domicilié à Beaujard, commune de Villeneuve-sur-Yonne. Le projet est confié à l'architecte Didier Michelon (1 rue de la Bertauche, à Sens) qui rédige le 12 juin 1987 un avant-projet sommaire pour une salle de conférence et de projection de 200 places (la scène étant maintenue pour les conférences) et un autre le 15 février 1988 pour la réfection des façades avec suppression du corps d'entrée des années Trente (suppression réalisée). Le projet évolue en 1990 vers une réhabilitation lourde (7 millions de F HT) ne conservant que les murs et la toiture pour installer un auditorium de 250 places, à gradins, dont l'entrée et la cabine de projection sont reportées à l'ouest. L'avant-projet sommaire de mai 1992 adopté, les travaux sont effectués en 1994 et 1995 (le gros oeuvre par la Sarl Moresk), et la salle Claude Debussy est inaugurée le 27 avril 1996. Elle a profité du classement fin 1991 de Joigny en ville d'art et d'histoire et de la volonté de la municipalité, en 1992, de relancer le cinéma (celui des Ducs de Bourgogne ayant fermé en juillet 1988). Elle accueille en effet des projections (argentiques avec un Kinoton FP 30D puis numériques à partir de 2014) jusqu'à l'ouverture du cinéma Agnès Varda en 2016 et encore, outre les concerts, des pièces de théâtres (soit en moyenne 25 spectacles par an, d'octobre à mai). Du fait de sa bonne acoustique, elle sert également de studio d'enregistrement.